Los restos arqueológicos del Gran Pajatén evidencian la presencia de la cultura Chachapoyas en la zona donde hoy se ubica el Departamento de San Martín. Durante los primeros años de la conquista, se iniciaron las expediciones hacia la región amazónica.
La ciudad de Moyobamba, fundada en 1539, por Hernando de Alvarado, fue la primera población española establecida en la Selva. Convertida en punta de lanza de la civilización occidental, en la región amazónica, por la acción combinada de misioneros y exploradores, Moyobamba tuvo en sus orígenes, la función de un cuartel general en el cual se organizaban y emprendían las expediciones de conquista y misiones evangelizadoras.
Posteriormente, desde mediados hasta fines del siglo pasado, la producción y exportación de sombreros de paja, bombonaje o toquilla permitieron a San Martín disfrutar de un cierto auge económico, con la apertura de numerosos negocios locales. Finalmente, este hermoso y acogedor departamento fue creado en 1906, para honrar la memoria del Héroe Libertador Don José de San Martín y con la construcción de la Carretera Marginal de la Selve , en la década de los años sesenta, se logró la importante conexión con el resto del país.