El territorio que abarca el actual Departamento de Loreto , formó parte del Virreinato del Perú y fue explorado por misioneros que tenían sus sedes en diversos puntos del suelo peruano. Asimismo, el descubrimiento, navegación y exploración del Río Amazonas, fueron realizados por la expedición de Gonzalo Pizarro, que partió de la ciudad del Cusco. Durante la Época Colonial, la capital de este vasto territorio, fue la antigua ciudad de Moyobamba, actual capital del Departamento de San Martín.
En la Época Republicana, su territorio fue explorado a lo largo de los ríos amazónicos, por distinguidos marinos y miembros del Ejército Peruano. En los últimos decenios del siglo pasado, Iquitos, la capital actual de Loreto, se erigió como el más importante puerto fluvial peruano de embarque de materias primas de exportación. Recientemente, el hallazgo de reservas de petróleo da a la gente de Loreto nuevas esperanzas de un futuro mejorl.